Decydując się na uprawę warzyw korzeniowych z przeznaczeniem dla przetwórstwa, ogrodnik musi sprostać wymaganiom jakie wyznaczają zakłady skupujące produkty do przetworzenia, które dotyczą przede wszystkim ich jakości. Standardem jest analizowanie zawartości metali ciężkich czy pozostałości środków ochrony roślin. Sprawdzany jest także poziom azotanów w korzeniach. Niestety, warzywa korzeniowe mają tendencję do magazynowania ołowiu, kadmu i azotanów. Już na etapie planowania uprawy należy bezwzględnie zadbać o optymalne warunki wzrostu roślin, minimalizując jednocześnie niebezpieczeństwo kumulacji tych związków.
Czynnikiem wpływającym na zawartość szkodliwych substancji w korzeniach jest nawożenie. Poprzedzone analizą gleby, racjonalnie rozplanowane może zredukować pobieranie niektórych szkodliwych związków przez system korzeniowy rośliny. Zbilansowana zawartość azotu w glebie powinna oscylować w przedziale 50-80 mg/dm3, co przekłada się na około 100 kg/ha czystego składnika, który powinniśmy dostarczyć roślinom. Należy także pamiętać o terminach jego aplikacji. Zbyt późny, wykonany w drugiej połowie lipca powoduje, iż pobrany azot jest powodem pogorszenia się jakości przechowalniczej marchwi, przechodzi w szkodliwe formy, które obniżają jakość plonu. Akceptowalna zawartość azotanów wynosi maksymalnie 400 mg NO3/kg s.m. (wartość ta uzależniona jest od przeznaczenia produktu, w przypadku przetworów dla dzieci normy te są bardziej restrykcyjne). Czynnikiem wpływającym na ograniczenie pobierania szkodliwych azotanów oraz kadmu jest także pH. Należy je regulować najlepiej tak, by odczyn był obojętny, gdyż niska kwasowość i wysoka zawartość wapnia redukują zdolność pobierania tych związków.
Odpowiednio zaplanowane nawożenie, szczególnie racjonalnie dobranymi preparatami do dokarmiania dolistnego mogą nie tylko zredukować magazynowanie się niepożądanych związków, ale nawet obniżyć ich poziom.
W uprawie warzyw korzeniowych producenci zmagają się także z powodującymi coraz większe straty nicieniami, które stanowią bardzo poważne zagrożenie dla plantacji. Żerowanie tych szkodników powoduje uszkodzenia mechaniczne systemu korzeniowego. Organizmy te są także wektorami wielu wirusów i bakterii. Spowodowane uszkodzenia istotnie zwiększają ryzyko inwazji patogenów, przede wszystkim grzybów, które są kolejnym zagrożeniem dla warzyw. Ratunkiem mogą okazać się preparaty zawierające w swym składzie grzyby mikoryzowe, saprofityczne i promieniowce. Ich zastosowanie ogranicza porażenia systemu korzeniowego przez nicienie. Zapewnia wzrost odporności, zawartości enzymów, przeciwutleniaczy i polifenoli. Wpływa na pogrubienie warstwy ściany komórkowej kory korzeni – naturalnej bariery chroniącej przed atakiem patogenów. Redukuje kumulację szkodliwych substancji w roślinie oraz zmniejsza zawartość azotanów w roślinach. Dzięki obecności bakterii ryzosferowych możliwe jest zapewnienie w całym okresie wegetacji ciągłego dostarczania roślinom cennych substancji biostymulujących w postaci hormonów roślinnych i innych związków biologicznie aktywnych, a także poprawa aktywności biologicznej oraz dostępności składników odżywczych w glebie. Dzięki dynamicznej kolonizacji ryzosfery i systemu korzeniowego roślin, mikroorganizmy działają szybko, dodatkowo skutecznie ograniczając możliwość wystąpienia wielu chorób odglebowych oraz nicieni. Mikroorganizmy po wprowadzeniu do środowiska glebowego roślin szybko rozmnażają się, aktywnie pobudzając wzrost i rozwój roślin. Z przeprowadzonych w uprawach pietruszki i marchwi doświadczeń wynika, iż zastosowanie tego typu biopreparatów nie tylko poprawia parametry jakościowe plonu i zmniejsza ryzyko wystąpienia uszkodzeń spowodowanych żerowaniem nicieni, ale zapewnia wyrównane wschody roślin, lepszą obsadę docelową, dynamiczny wzrost początkowy siewek, większe plony korzeni, większą masę pojedynczego korzenia, lepszą jakość zewnętrzną i wewnętrzną korzeni, większy udział plonu handlowego w plonie ogólnym. Ponadto gwarantuje mniejszą ilość odpadu w plonie ogólnym, poprawę parametrów fizycznych gleby, mniejszą spoistość i trwalszą strukturę gruzełkowatą gleby, bardziej efektywną pracę kombajnu przy wykopkach, lepsze odżywienie roślin w składniki pokarmowe oraz większą odporność roślin na stresy biotyczne i abiotyczne. Trzeba jednak pamiętać, iż wybierając odpowiedni preparat należy zwrócić uwagę, by zawarte w nim mikroorganizmy należały do grupy PGPR i/lub PGPF, czyli efektywnie wspierających rozwój i zdrowotność roślin oraz aby były pozyskane z naturalnego ekosystemu glebowego. W przypadku uprawy warzyw korzeniowych zaleca się zastosowanie mikrobiologicznego preparatu przeciwko nicieniom – Bactim Receptor. Zawarte w nim mikroorganizmy szybko zasiedlają ryzosferę oraz wchodzą w symbiozę z systemem korzeniowym, co ogranicza szkodliwość nicieni. Dodatkowo bezpośrednio redukują liczebność pasożytniczych dla roślin nicieni. Indukują naturalne mechanizmy odporności systemicznej roślin, a dodatkowo, dzięki ograniczaniu szkodliwości nicieni zmniejszają prawdopodobieństwo występowania chorób odglebowych. Stworzenie odpowiedniego środowiska wzrostu ogranicza możliwość kumulacji szkodliwych azotynów. Zmniejszenie presji chorób skutkuje mniejszym zużyciem środków ochrony roślin, co bezpośrednio przekłada się na zmniejszenie ich pozostałości w warzywach.
Zastosowanie biopreparatów pozytywnie wpływa na ilość i jakość handlową plonu. Warto rozważyć włączenie ich do tradycyjnej agrotechniki, tym bardziej, że normy jakościowe z całą pewnością będą rosły, a przez to coraz trudniej będzie im sprostać bez korzystania z nowoczesnych, innowacyjnych środków. Zastosowanie biopreparatów jest przy tym bezpieczne dla upraw i pozostaje w zgodzie z naturą.